Patrikana Ekumenike dhe Mali Athos, dhe gjithashtu Kishat Orthodhokse Greke në diasporë në bazë të Patriarkanës përdorin një shqiponjë të zezë dykrenore në një fushë të verdhë si flamurin apo emblemën e tyre. 
 Shqiponja është përshkruar si shtrëngim të shpatës dhe një rruzull me një kurorë sipër dhe midis dy kokat e saj. [1] Një variant i hershëm i flamurit, i përdorur në vitet 1980, ndërthuri modelin e shqiponjës me dy koka me shiritat blu dhe të bardhë të flamurit të Greqisë. [2] 
 Ndonjëherë dizajni është quajtur "Flamuri Perandorak Bizantin", dhe konsiderohet — në mënyrë të pasaktë - të ketë qenë flamuri historik aktual i Perandorisë Bizantine. Shqiponja me dy koka është përdorur historikisht si emblemë në periudhën e vonë Bizantine (shekujt 14-15), por jo në flamuj; përkundrazi ishte e qëndisur në veshje perandorake dhe përvetësime nga të dy perandorët Palaiologos të Perandorisë Bizantine dhe sundimtarët e Madh Komnenos të Perandorisë së Trebizondit, pasardhës të familjes Perandorake Bizantine me të njëjtin emër. Flamuri aktual i Perandorisë Bizantine të epokës Palaiologan ishte i bazuar në kryqin tetragrammatic në ar në një sfond të kuq. Ky model gjithashtu përbën bazën për një flamur tjetër të përdorur nga Kisha Orthodhokse e Greqisë, me mbishkrimin e shtuar të TOYTῼ NIKA (d.m.th. në hoc signo vorts).